MTs Al-Huda Gondangrejo didirikan pada tanggal 1 Januari 1973 dengan Akta Pendirian  Nomor: 77 Tanggal 18 Maret 1990 berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Ma’arif Madrasah Tsanawiyah Al Huda. Pendirian madrasah ini dilatarbelakangi atas keprihatinan tokoh-tokoh masyarakat tentang tidak adanya sarana pendidikan formal, khususnya Sekolah Menengah Pertama (SMP) yang berbasis pendidikan agama Islam “Madrasah Tsanawiyah” di lingkungan sekitar, oleh Bapak H. Adi Sunarno, Kyai Hamdani, Bapak Mukidin, beliau-beliau ini merupakan tokoh Ma’arif NU cabang Gondangrejo.

Dengan status madrasah pada saat itu “Terdaftar” di Kementerian Agama Kabupaten Karanganyar. Sampai dengan saat ini sudah “Terakreditasi B” dengan Nomor: 044/BANSM-JTG/SK/X/2018 pada tanggal 16 Oktober 2018.

Alamat Madrasah berada di jalan provinsi yang jaraknya tidak terlalu jauh dari pusat pemerintahan Karesidenan Surakarta, di Jalan Solo-Purwodadi Km 12 Desa Tuban, Kecamatan Gondangrejo, Kabupaten Karanganyar, berada pada jalur jalan lintas provinsi.

Dari tahun ke tahun MTs Al Huda Gondangrejo berusaha untuk mengembangkan madrasah dengan pembangunan gedung dan menyediakan sarana dan prasana yang memadai. Pada tahun ini MTs Al Huda Gondangrejo sudah memiliki sarana prasarana pembelajaran yang representatif dengan gedung berlantai dua sebanyak 6 ruang kelas belajar, dengan waktu belajar pagi dilengkapi fasilitas yang cukup memadai, diantaranya Laboratorium Komputer dan Internet, Laboratorium Bahasa, Laboratorium IPA, Perpustakaan, UKS, dan Mushola.

Pengembangan Kegiatan ekstrakurikuller di MTs Al Huda Gondangrejo yang telah berkembang dan berprestasi diantaranya adalah Pramuka, Sepak Takraw, Pencak Silat, Rebana, dan Olahraga.

Kepala Madrasah yang pernah memimpin MTs Al Huda Gondangrejo adalah Bapak Sumairi, S.Ag., Bapak Asih Manto, S.Pd., Bapak Wakiran AA, Bapak H. Sumaidi, S.Ag., dan Bapak Sangidi, S.Ag. Saat ini MTs Al Huda Gondangrejo dipimpin oleh Kepala Madrasah Bapak Sumadi, S.Ag.